《口腔微生物学实验指导》的内容可分为微生物实验室安全概述、口腔微生物学技术、生物化学技术和分子生物学技术等四大部分。其中，微生物实验室安全部分包括微生物实验室生物安全、危险化学品安全、危险废弃物处置、用电安全及消防事故处理等内容；微生物学部分包括常用的微生物染色技术、显微镜技术、口腔微生物标本的采集、口腔致病菌的分离鉴定、菌种的保存和复苏、微生物代谢产物检测、微生物的药物敏感实验以及常用口腔微生物培养基的配制等内容；生物化学技术部分主要包括口腔微生物的快速生化鉴定，唾液中钙、磷浓度的测定等内容；分子生物学技术部分包括生物大分子的提取、口腔微生物的分子生物学鉴定技术和电泳技术等内容。

第一章 微生物实验室安全概述
第一节 微生物实验室生物安全
第二节 实验室危险化学品安全
第三节 实验室危险废弃物处置
第四节 实验室用电安全及消防事故处理

第二章 口腔微生物的分离技术
实验一 暗视野显微镜的使用
实验二 刚果红负性染色技术
实验三 真菌涂片技术
实验四 口腔菌斑、唾液及黏膜标本的采集和运送
实验五 口腔标本的分散、稀释与培养
实验六 唾液中钙浓度的测定（试剂盒法）
实验七 唾液中磷浓度的测定（磷钼酸法）

第三章 口腔微生物的鉴定技术
实验八 常见口腔细菌的革兰染色及油镜的使用
实验九 口腔细菌生物膜的培养及结晶紫染色
实验十 芽胞染色技术
实验十一 荚膜染色技术
实验十二 鞭毛染色技术
实验十三 扫描隧道电子显微镜技术
实验十四 透射电子显微镜技术
实验十五 原子力显微镜技术
实验十六 激光扫描共聚焦显微镜技术
实验十七 高效液相层析法测定代谢酸产物
实验十八 口腔细菌胞外多糖含量的测定（蒽酮法）
实验十九 细菌基因组DNA提取及凝胶电泳检测
实验二十 细菌总RNA提取及凝胶电泳检测
实验二十一 细菌蛋白质提取及凝胶电泳检测
实验二十二 细菌DNA的GC含量测定
实验二十三 DNA-DNA分子杂交技术
实验二十四 限制性核酸内切酶分析技术
实验二十五 PCR技术
实验二十六 16S rRNA序列分析技术
实验二十七 变性梯度凝胶电泳
实验二十八 反应板微量快速生化实验
实验二十九 全自动微生物鉴定仪

第四章 口腔微生物药物敏感实验
实验三十 液体稀释法
实验三十一 琼脂稀释法
实验三十二 纸片扩散法
附录一 口腔微生物培养常用培养基的配制
附录二 口腔微生物的保存
附录三 口腔微生物宏基因组研究临床标本收集标准及处理流程