《本草基因组学》教材第１版于2018年出版，受到学术界和大专院校的广泛关注。本书在对第１版进行修订的基础上对本草基因组学近年研究进行了跟进和总结，加强了概念性和理论性的介绍，并对未来的研究思路和方向进行了思考和探讨。本书第一章至第九章为前半部分，第十章至第十八章为后半部分。前半部分包括绪论、结构基因组学、功能基因组学、表观基因组学和宏基因组学等，论述了本草基因组学的核心研究内容。后半部分包括药用模式生物、中药合成生物学、基因组辅助育种、DNA鉴定、中药体内过程组学研究、关键实验技术、生物信息学及数据库等内容，重点论述本草基因组学的主要应用，并引入了药用植物系统基因组、表型组、人工智能等前沿内容。

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在国际上创建了基于ITS2序列为主的中草药DNA条形码鉴定方法体系；通过全基因组解析提出灵芝为首个中药基原药用模式真菌，论文在《自然 通讯》发表, 被Nature China选为中国最佳研究亮点推介。发表SCI论文180余篇,期中影响因子大于10的国际著名期刊有包括Nature Commun、Biotech Adv、PNAS、Nat Prod Rep、BRV等。

目录
第一章 绪论 1
第一节 本草基因组学的产生和发展 1
第二节 本草基因组学研究内容 7
第三节 本草基因组学的应用 23
第二章 药用生物结构基因组 26
第一节 药用生物核基因组概述 26
第二节 药用植物基因组 30
第三节 药用动物与药用真菌基因组 43
第三章 药用生物细胞器基因组 53
第一节 药用植物叶绿体基因组 53
第二节 药用生物线粒体基因组 64
第四章 药用生物转录组研究 70
第一节 转录组概述 70
第二节 RNA-seq转录组研究 71
第三节 全长转录组研究 77
第四节 单细胞转录组研究 86
第五节 空间转录组研究 97
第五章 药用生物蛋白质组研究 106
第一节 蛋白质组学概述 106
第二节 药用植物蛋白质组 110
第三节 药用动物蛋白质组 117
第六章 药用植物代谢组学研究 121
第一节 药用植物代谢组学研究策略 121
第二节 基于代谢组学的中药鉴定和质量评价 126
第三节 基于代谢组学的天然产物合成研究 132
第七章 天然产物生物合成途径解析 139
第一节 天然产物生物合成途径研究策略 140
第二节 萜类生物合成途径 143
第三节 生物碱类生物合成途径 153
第四节 苯丙素类生物合成途径 159
第八章 表观基因组学 163
第一节 表观基因组研究策略 163
第二节 非编码RNA 168
第三节 DNA甲基化 173
第四节 染色质三维结构 178
第九章 药用植物宏基因组学 183
第一节 药用植物宏基因组学研究策略 183
第二节 药用植物根际微生物宏基因组 187
第三节 药用植物内生菌宏基因组 198
第十章 药用模式生物研究 205
第一节 药用模式生物研究策略 206
第二节 药用模式真菌——灵芝 212
第三节 药用模式植物——丹参 218
第四节 其他相关模式生物 226
第十一章 中药合成生物学研究 232
第一节 中药合成生物学体系创建 233
第二节 中药合成生物学体系优化策略 235
第三节 萜类合成生物学 240
第四节 生物碱合成生物学 245
第五节 黄酮合成生物学 248
第十二章 药用植物分子育种研究 254
第一节 药用植物分子育种原理与方法 254
第二节 优质适产药用植物分子育种 258
第三节 抗逆药用植物分子育种 267
第十三章 中药分子鉴定 272
第一节 DNA条形码鉴定 272
第二节 超级条形码鉴定 281
第三节 其他分子鉴定技术 285
第十四章 中药药物体内过程组学研究 290
第一节 中药药物代谢组学 290
第二节 中药肠道宏基因组学 295
第三节 中药药物基因组学 302
第四节 中药药物蛋白质组学 308
第十五章 本草基因组学关键实验技术 315
第一节 结构基因组学关键技术 315
第二节 转录组学关键技术 320
第三节 功能基因组研究关键技术 320
第四节 蛋白质组学关键技术 323
第五节 代谢组学关键技术 325
第六节 合成生物学关键技术 327
第十六章 生物信息学及数据库 330
第一节 生物信息学编程基础 330
第二节 生物信息学常用分析方法 333
第三节 基因组相关数据库 337
第四节 生物信息学中的人工智能 343
第十七章 药用生物系统基因组学 349
第一节 系统基因组学基本概念 349
第二节 药用生物系统基因组学研究与应用 352
第三节 研究的问题与发展方向 355
第十八章 表型组学 358
第一节 植物表型组学的研究内容 358
第二节 植物表型组研究方法 361
第三节 中药植物表型组研究方法 363
重要参考文献 367