针对微生物在畜牧业的应用领域，针对畜牧业的产业需求，该实验指导设微生物分离和培养、微生物染色、微生物大小测定和计数、饲料及乳中微生物毒素测定、微生物饲料制备及发酵工艺优化、青贮饲料制备及质量评定、益生菌筛选及开发、消化道及饲料中微生物定量及多样性分析、粪污微生物处理效果评定和功能性乳品开发十个实验内容。从目的要求、原理、试验材料和试验方法与步骤等几个方面撰写每个实验内容，详细撰写试验方法和过程控制，以期在完成畜牧微生物学实验课堂操作外，能让专业人员、研究生和本科生依据此实验指导可自行开展探索性试验。